在檢查了制冷系統各部分都正常后，方可進行自動開機操作，開機信號可由溫度控制器發出，同時還可以配有手動按鈕發出開機信號，進行壓縮機減載或空載起動，在能量調節裝銳和安全保護裝置的控制下，機組投入正常有序的運行。正常停機信號可由溫度控制器或壓力控制器發出，也可以手動按鈕發出，事故停機信號則來自安全保護裝置。
下面以單級氨壓縮機為例，說明自動起停運行的程序過程。合上供電總開關或斷路器，制冷系統低壓電氣控制柜接通電源。
由溫度控制器的感溫探頭感知庫房熱負荷的變化，當熱負荷溫度上升到溫度控制器調定值上限接通溫度值時，溫度控制器上微動開關的電觸點接通，使控制冷卻水泵、壓縮機水套電磁閥、冷卻塔風機的中間繼電器得電，上述設備逐一起動。約過10s，延時機構接通控制氨泵電動機的繼電器，使氨泵開機運行，向低壓循環儲液器供液，約過50s，延時機構接通能量調節卸載電磁閥電路，電磁閥得電開啟，來自油泵的液壓油流經電磁閥，然后又回到曲軸箱，液壓油沒有進入卸載液壓缸內，液壓缸內建立不了足以推動活塞的油壓，氣缸內吸氣閥片頂開，呈卸載狀態。
同時，壓縮機電動機主電路接接通得電，壓縮機在空載(吸氣閥片全部被頂起時)或輕載(吸氣閥片部分被頂起時)條件下起動運轉，建立了正常油壓后卸載電磁閥失電關閉，液壓油可進入卸載液壓缸內建立油壓推動油活塞。壓縮機吸氣閥片落下后蓋住吸氣孔，壓縮機在各安全保護裝置的控制下進入負載運行狀態。
如果任一個安全保護裝置發生動作，都會切斷壓縮機電動機電源，使壓縮機作故障停機，同時接通報警電路，事故紅燈亮，提醒操作人員排除故障。當壓縮機處于正常運行狀態時，能量調節機構則根據冷庫或其他制冷場所溫度的變化來調整壓縮機的制冷量，使之與熱負荷的變化相適應，這樣壓縮機就處于一個經濟、合理的運行狀態中。當熱負荷溫度下降到溫度控制器調定值下限以下斷開溫度值時，溫度控制器上微動開關的電觸點斷開，切斷壓縮機主電路，壓縮機停機。
