凍結間與冷藏間自控回路不同，它除了降溫和應維持恒定的庫房溫度外，還要保證食品所必需的冷加工時間，融霜及輸送機構的自動控制。另外，凍結間或凍結裝置的種類很多，工藝流程也各不相同，現以吊軌型凍結間為例敘述凍結間的自動控制。
按照凍結間的工藝流程，一般可分為五個階段：空庫降溫（或空庫保溫）、進貨、凍結、出貨和融霜。
①空庫保溫：對某一時期內停止使用的凍結間須處于一定的負溫。一般保持在-5℃以下，以防止構筑物因凍融循環而引起的破壞，空庫保溫一般由設在機房的遙測溫度計顯示室溫，使用按鈕操作使系統投入或停止運行，同時也受溫度調節器的控制。
②空庫降溫：進貨前，先將凍結間內溫度降低到一定的負值，一般采用-10~-15℃。它有兩個作用，一個是防止熱貨進入后使構筑物表面溫度升高至0℃以上，產生凍融循環；另一個是使熱貨盡快降溫。空庫降溫一般由裝在凍結間內的溫度調節器控制，在空庫或進貨情況下，當庫溫回升至上限值時，溫度調節器動作。使供液和回汽電磁主閥開啟，系統投入運行。
③凍結時間：當進貨完畢，系統自動進入凍結過程，時間繼電器動作，凍結制冷系統按調定的凍結時間開始工作，在凍結過程中如因停電、停機等時間均不計在內，當累計凍結時間達到預定值（一般一次凍結的累計時間定為20h，可根據貨物實際的凍結時間進行調整），又庫溫降至下限值，機房控制屏出現“凍結完成”信號，供液電磁主閥關閉，風機停止運轉，延時幾分鐘，回汽電磁主閥關閉，制冷系統停止運行。所以，制冷系統投人運行是受庫房溫度的控制，而制冷系統停止運行則受庫溫和凍結時間兩者的控制，這樣可避免在凍結過程中出現庫溫已降至下限值，而食品還未凍透，制冷系統已停止運行的現象。
