主庫主要由下列單位組成：
（一）冷卻間
用于對進庫冷藏或需先經預冷后凍結的常溫食品進行冷卻或預冷。水果、蔬菜在進行冷藏前，為除去田間熱，防止某些生理病害，應及時逐步降溫冷卻。
鮮蛋在冷藏前也應進行冷卻，以免驟然遇冷時，內容物收縮，蛋內壓力降低，空氣中微生物隨空氣從蛋殼氣孔進入蛋內而使鮮蛋變壞。此外，肉類屠宰后也可加工為冷卻肉（中心溫度0℃~4℃），能作短期儲藏，肉味較凍肉鮮美。對于采用二次凍結工藝來說，也需將屠宰處理后的家畜胴體送入冷卻間冷卻，食品溫由35℃降至4℃，再進行凍結。冷卻間的室溫為-2℃~0℃，當食品達到冷卻要求的溫度后成為“冷卻物”時，即可轉入冷卻物冷藏間。當果蔬、鮮蛋的一次進貨量小于冷藏間容量的5%時，也可不經冷卻直接進入冷藏間。
（二）凍結間
對于需長期儲藏的食品由常溫或冷卻狀態迅速降至-18℃~-15℃的凍結狀態，使凍結終溫的食品成為“凍結物”。凍結間是借助冷風機或專用凍結裝置用以凍結食品的冷間，它的室溫為-30℃~-23℃（國外來用-40℃或更低溫度）。凍結間也可移出主庫而單獨建造。
（三）再凍間
它設于分配性冷庫中，供外地調入凍結食品中品溫超過-8℃的部分在入庫前再凍之用。再凍間冷分配設備的選用與凍結間相同。
（四）冷卻物冷藏間
這種冷藏間又稱高溫冷藏間，室溫為-2℃~4℃，相對濕度為85%~95%，這因儲藏食品的不同而異。它主要用于儲藏經過冷卻的鮮蛋、果蔬；由于果蔬在儲藏中仍有呼吸作用，庫內除保持合適的溫度、濕度條件外，還要引進適量的新鮮空氣。例如，儲藏冷卻肉，儲藏時間不宜超過14~20天。
（五）凍結物冷藏間
它又稱低溫冷藏間，室溫在-25℃~-18℃，相對濕度為95%~98%，用于較長期地儲藏凍結食品。在國外，有的凍結物冷藏間溫度有降至-30℃~-28℃的趨勢，日本對凍金槍魚還采用了-50℃~-45℃所謂超低溫的冷藏間。
以上五類冷間的溫度和相對濕度，應根據各類食品冷加工或冷藏工藝要求確定，一般按冷藏庫設計規范推薦的值選取。
（六）兩用間（通用間）
它可兼作冷卻物或凍結物的冷藏間，機動性較大，這是通過改變冷間內冷卻面積來調節室溫的。但鑒于使用條件經常變化容易造成建筑物的破壞，故目前國內已很少設置。這種變溫冷藏間采用裝配式組合冷庫較適合。
（七）氣調保鮮間
氣調保鮮主要是針對水果、蔬菜的儲藏而言。果蔬采摘后，仍然保持著旺盛的生命活動能力，呼吸作用就是這種生命活動最明顯的表現。在一定范圍內，溫度越高，呼吸作用越強，衰老就越快，所以多年來生產上一直采用降溫的辦法來延長果蔬的儲藏期。目前，國內外正在發展控制氣體成分的儲藏，簡稱“CA”儲藏，即在果蔬儲藏環境中適當降低氧的含量和提高二氧化碳的濃度，并利用薄膜對氣體的透性，透出過多的二氧化碳，補入消耗的氧氣，起到自發氣調的作用。機械降氧法是利用降氧機、二氧化碳脫降機或制氮機來改變室內空氣成分，達到氣調的作用。
（八）制冰間
它的位置靠近設備間，水產冷庫常把它設于多層冷庫的頂層，以便于冰塊的輸出。制冰間宜有較好的采光和通風條件，要考慮到冰塊入庫或輸出的方便，室內溫度要考慮到提冰設備運行的方便，并要求排水暢通，以避免室內積水和過分潮濕。
（九）冰庫
一般設于主庫靠制冰間和出冰站臺的部位，也有與制冰間一起單獨建造的。若制冰間位于主庫頂層，冰庫可設在它的下層。冰庫的庫溫為-4℃（鹽水制冰）或-10℃（快速制冰）。冰庫內壁敷設竹料或木料護壁，以保護墻壁不受冰塊的撞擊。
（十）穿堂
穿堂是食品進出的通道，并起到溝通各冷間、便于裝卸周轉的作用。庫內穿堂有低溫穿堂和中溫穿堂兩種，分屬高、低溫庫房使用。目前，冷庫中較多采用庫外常溫穿堂，將穿堂布置在常溫環境中，通風條件好，改善了工人的操作條件，也能延長穿堂使用年限。常溫穿堂的建筑結構一般與庫房結構分開。
（十一）電梯間
它設置于多層冷庫，作為庫內垂直運輸之用，其大小、數量及設置位置視吞吐量及工藝要求而定。一般按每千噸冷藏量配0.9~1,2噸電梯容量設置，同時應考慮檢修：通常小于5000噸的冷藏庫配3噸貨梯2臺，5000~9000噸的冷藏庫配3噸貨梯2~4臺，10000噸冷藏庫配3噸貨梯3~4臺。在電梯間上部設有電梯機器間，內裝電梯的電動機及滑輪組。
（十二）冷庫站臺
冷庫站臺供裝卸貨物之用。有鐵路專用線的大中型生產性和分配性冷庫均應分別設置鐵路站臺和公路站臺。
鐵路站臺最普通的形式是罩棚式，在氣溫高或多風沙地區宜建封閉式站臺。鐵路站臺應高出軌面1.1米，其寬度和長度如表4-3所示：
公路站臺是汽車用的裝卸站臺，它可以布置在冷庫與鐵路站臺相對的另一面，或與鐵路站臺連接。小型冷庫只設公路站臺。公路站臺應高出路面0.9~1.1米，與進出最多的汽車高度相一致。它的長度按每1000噸冷藏容量7~10米設置，其寬度由貨物周轉量的大小、搬運方法不同而定。一般公稱容積小于或等于4500立方米的冷庫的站臺高度為4~6米；公稱容積大于4500立方米的冷庫的站臺寬度為6~8米，用手推車作業時取4~6米，用電動叉車作業時取6~8米。
（十三）其他
如挑選間、包裝間、分發間、副產品冷藏間、飲品冷藏間、樓梯間等。
