凍干車間主要包括凍干設備間、凍干操作間、裝料間、卸料間、凍結庫、電控間和洗盤間等工作間。除凍干設備間和電控間外，其余車間與前處理間、后處理間一樣均屬于潔凈區，必須保持清潔、衛生，凍干操作間、卸料間和后處理間還必須保持干燥。

a.凍干設備間用以放置凍干機主體設備，包括凍干倉、加熱系統、真空系統、制冷系統、氣動系統、除霜系統等設備。

b.凍干操作間是物料及物料車在各土作間之間進行轉運的工作場所。物料及物料車在不同工作間之間的轉運通過操作間軌道上的地平轉運車的移動來實現。

c.裝料間是將經過前處理的物料放到托盤及物料小車上的場所.物料小車的清洗也在裝料間進行。

d.卸料間是干燥后的物料及托盤從物料小車上卸料的場所，卸下的物料進入包裝間分選包裝，托盤則進入洗盤間內清洗消毒。

e.凍結庫為物料在干燥前進行預凍，提供低溫環境，使物料中的水分全部凍結成固體。

f.電控間內放置電控柜及工控機，是操作人員對設備運行進行設定、操作并監控的場所。