冷藏運輸中所使用的集裝箱種類比較多，按不同的分類方法，有不同的類型。
目前，根據制冷方式，冷藏集裝箱基本可分為以下幾種類型：①保溫集裝箱：此種集裝箱箱體具有良好的隔熱性能，但不帶任何制冷裝置，也不能臨時進行添掛。②外置式保溫集裝箱：這種集裝箱箱內無任何制冷裝置，隔熱性能很強，集裝箱的一端有軟管連接器，可與船上或陸上供冷站的制冷裝置連接，使冷氣在集裝箱內循環，達到制冷效果，一般能保持-25℃的冷藏溫度。該集裝箱集中供冷，箱體容積利用率高，自重輕，使用時機械故障少。但是它必須由設有專門制冷裝置的船舶裝運，使用時箱內的溫度不能單獨調節。③內藏式冷藏集裝箱：這種集裝箱是一種配帶制冷裝置的保溫箱，可自己供冷，制冷機組安裝在箱體的一端，冷風通過風機從一端送入箱內。④液氮和干冰冷藏集裝箱：此種集裝箱利用液氮或干冰制冷，以維持箱體內的低溫。
根據運輸方式，可分為海運和陸運兩種，二者的外形尺寸沒有很大的差別，但陸上運輸的特殊要求又使二者存在一些差異。①海運集裝箱：海運集裝箱的制冷機組用電是由船上統一供給的，不需要自備發電機組，因此機組構造比較簡單、體積較小、造價也較低。但海運集裝箱卸船后，因失去電源就得依靠碼頭上供電才能繼續制冷，如轉入鐵路或公路運輸時，就必須增設發電機組，國際上一般的做法是采用插入式發電機組。②陸運集裝箱：陸運集裝箱是20世紀80年代初在歐洲發展起來的，主要用于鐵路、公路和內河航運船上，因此必須自備柴油或汽油發電機組，才能保證在運輸途中制冷機組的用電。有的陸運集裝箱采用制冷機組與冷藏汽車發電機組合一的機組，其優點是體積小、質量輕、價格低；缺點是柴油機必須始終保持運轉，耗油量較大。
根據集裝箱的溫度可分為：①冷凍集裝箱：冷凍集裝箱一般在箱的前端設有內藏式冷凍裝置，在冷凍機工作時，冷風從箱內后端的通風管吹出，通過箱壁上凸條間的空隙和箱底的通風導軌，經前端壁上的冷風吸入口，返回冷凍機進行循環。②保溫集裝箱：保溫集裝箱主要用于裝載水果、蔬菜等鮮貨，一般是用干冰等冷卻劑，防止箱內溫度過度上升，通常的保溫時間為72小時左右。
根據集裝箱的規格可分為：①20ft冷藏集裝箱（20RF）：外部尺寸長6058mm×寬2438mm×高2438mm，內部尺寸長5477mm×寬2251mm×高2099mm，門寬2289mm×高2135mm，內容積25.9m3，箱重2520kg，載重17800kg，總重20320kg。②40ft冷藏集裝箱（40RF）：外部尺寸長12116mm×寬2438mm×高2512mm，內部尺寸長12000mm×寬2173mm×高2251mm，門寬2289mm×高2209mm，內容積58.7m3，箱重4220kg，載重22360kg，總重26580kg。③40ft加高冷藏集裝箱（40HCRF）：外部尺寸長12116mm×寬2438mm×高2638mm，內部尺寸長12000mm×寬2251mm×高2447mm，門寬2289mm×高2512mm，內容積66.1m，箱重4820kg，載重21560kg，總重26380kg。
